FreeBSD 用它的檔案系統來決定許多基本的系統操作，檔案的階層結構是 非常重要的。您可以由hier(7)得知 man page 提供了完整的目錄結構的 敘述，我們在這裡將不重複說明。請查閱hier(7) 已獲得更多資訊。
最重要的莫過於整個目錄的根目錄，就是 / 目錄。這個目錄是在開機的 時候掛上系統的而且它包含了開機時候必要的基本系統。這個根目錄也包含了 每一個你想掛上系統的其他檔案。
mount point 是一個能讓多加入的檔案系統接上根目錄檔案系統的目錄。 標準的 mount point 包含了/usr， /var， /mnt， 和 /cdrom。 這些目錄經常被紀錄在/etc/fstab這一個檔案裡。/etc/fstab 是一個紀錄系統上的多樣檔案系統和mount points 的表格。大部分的檔案系 統在 /etc/fstab會依據這一個script rc(8)在開機的時候被 自動掛上，除非加上noauto這個選項。請查閱fstab(5) 說明頁以了解 /etc/fstab所用的格式和他包含的選項。